Tramite questo programma potremo interporre un filtro fra i dati del nostro hard disk e i software in esecuzione. Le applicazioni avviate potranno leggere i dati dal disco, ma nel caso in cui tentassero di effettuare modifiche o di creare nuovi file, effettueranno i salvataggi all'interno di un'area protetta. Tutti i file modificati o creati dai programmi aperti con Sandboxie vengono infatti memorizzati in un hard disk virtuale, senza intaccare i dati originali.
